부산대-밀양대 간의 통합 논의는 2005년 3월 양 대학이 합의각서를 체결하면서 본격적으로 진행되기 시작했으며, 같은 해 9월 28일 교육부가 이를 승인해 2006년 3월 2일 ‘통합 부산대학교’가 출범했다.

 
  통합 부산대는 밀양대의 기존 3개 단과대학(생명자원대학, 사회문화대학, 이공대학)과 산업대학원을 폐지하고 생명자원과학대학을 신설했으며, 부산대에 있던 나노과학기술학부를 단과대학으로 확대 개편하여 이전했다. 그 결과 양 대학의 동일(유사) 학부(전공)·학과 12개를 통·폐합하는 과정에서 입학정원 856명을 감축했다.   

 
  우리학교와 밀양대의 통합은 교육부 대학혁신자문팀으로부터 ‘대학 통폐합·재배치에서 가장 모범적인 사례’라는 평가를 받았다. 이에 따라 우리학교는 2005년 145억여 원을 지원받아 통·폐합 국립대 중 가장 많은 지원금을 받았고 누리사업, BK21사업 등에서도 가산점을 받았다. 기획평가과 이강국 과장은 “1대 1 통합에서 발생할 수 있는 중복·비대화 등의 단점을 최소화하고 과학기술분야 특화 등 강점을 극대화시켰다”며 좋은 평가를 받는 이유를 설명했다.

  하지만 당시 통합의 실질적 당사자인 학생들에게 충분한 정보를 알려주지 않아 갈등이 일어나기도 했다. 밀양대 학생들은 졸업장과 관련된 학적 처리, 학내 공간 부족, 등록금 인상 등에 불만을 품고 통합 부산대학교 본부를 대상으로 항의했고, 2006년 4월 6일에는 수업을 거부하기에 이르렀다. 결국 본부가 밀양대 학생들을 대상으로 연 공청회에서 부산대가 제시한 학적이수 방법이 76.3%의 찬성표를 받으면서 수업이 재개됐지만, 이후에도 일부 부산대 학생들이 밀양대 학생들에게 부산대 졸업장을 주는 문제로 이의를 제기하며 진통은 이어졌다.

  본부는 결국 2006년 6월 20일 ‘부산대-밀양대 통합과 이에 따른 졸업자격인증 문제에 대한 공청회’에서 “학생의 의견수렴이 부족했던 것을 인정한다”며 공식 입장을 밝힌 바 있다. 당시 교무처장 정기호(화학) 교수는 “양 대학이 서로 양보하면서 현재는 제도적, 정서적으로 보완이 잘 되어가는 것 같다”며 “통합 후 10여년 이후까지 적응기를 가지며 미비한 부분을 더욱 고쳐나가는 것이 필요할 것 같다”고 밝혔다. 

  
  한편, 지난 2000년부터 논의되던 부산지역 4개 국립대학 통합안은 최근 각 학교의 실무진 차원에서 지난 1월 28일 통합에 대한 의견을 교환했지만 서로의 입장차만 확인했다. 김덕줄(기계공) 기획처장은 “막대한 권력이 연합대학 총장 1인에게 집중되는 등의 문제로 통합안의 실효성이 의심된다”고 밝혔다.