현재 우리 학교는 현재 건축학?공학?경영 교육인증이 운영되고 있다. 그러나 비교적 최근에 신설된 건축학, 경영 교육 인증에 비해 오랜 시간 운영돼 온 공학교육인증제에 대해 개선을 요구하는 목소리가 안팎에서 제기되고 있다.
  2004년 우리 학교에 도입된 공학교육인증제는 공학 교육 프로그램의 수립과 질적 개선, 학생들의 실력 향상을 목표로 총 7개 학과에서 운영되고 있다. 그러나 학생들과 전문가들은 이 제도의 문제점으로 △필요성 불감 △실효성 부재 △교육과정 획일화 등을 지적했다.
  현재 우리 학교에서 진행되고 있는 공학인증프로그램(이하 공학인증)은 학생들의 의사를 전혀 반영하지 않은 채 진행되고 있었다. 프로그램에 대한 설명이 사전에 충분히 이뤄지지 않아 학생들은 공학 인증에 대한 공감과 이해가 부족한 상황이다. 강태욱(기계공 3) 씨는 “공학인증이 무엇인지, 졸업 후 도움이 되는 사항에 대해 구체적으로 설명하는 과정이 필요한 것 같다”고 말했다. 박상빈(기계공 1) 씨 역시 “폐지한 학교들도 있는데 왜 우리 학교만 계속해서 강조하는지 잘 모르겠다”며 “학과에서 계속해서 강조를 하니까 불안해서 따르고 있을 뿐”이라고 덧붙였다.
  학생들은 취업과정에 도움이 된다는 공학인증의 실효성에 대해서도 의문을 제기했다. 안철수연구소, 삼성전자, NHN, KT 등이 공학인증을 이수한 학생들에게 혜택을 주고 있다고 밝혔지만 ‘서류전형 우대’만  주어질 뿐 다른 구체적인 우대사항들이 나와 있지 않기 때문이다. 박준우(기계공 1) 씨는 “과연 공학인증이 국내 기업 취직에 도움이 될까 의문이 든다”고 말했다.
  기업에 필요한 인재를 길러내기 위한 교육과정이 중심이기 때문에 학문의 융합이나 기초학문과는 괴리가 생긴다는 지적도 있었다. 인증프로그램에 맞추다 보니 교육과정이 획일화되고 학문의 폭이 좁아진다는 것이다. 최만수(서울대 기계항공) 교수는 “서울대학교에서는 연계전공, 복수전공 등의 다양한 학문의 융합을 장려하고 있지만 공학인증은 심화전공의 일환이라 판단했다”며 “공학인증은 서울대가 지향하는 교육철학과 맞지 않아 2008년 우리학부에서 철회하게 됐다”고 밝혔다. 우리 학교의 공학인증 커리큘럼 역시 전공과목뿐 아니라 교양과목까지도 지정돼 있어 학생들이 원하는 과목을 듣지 못하는 경우가 발생한다. 안철진(전자전기 3) 씨는 “공학인증을 받으려면 관심이 없는 과목을 들어야 하는 경우가 많다”며 “자신이 듣고 싶어 하는 과목은 수강할 수 없는 경우가 대부분”이라고 밝혔다.
  이러한 문제점을 개선하기 위한 방안으로 한국대학교육연구소 연덕원 연구원은 “학교마다 학풍이 있고 교육철학이 있는데 교육과정을 획일화하는 문제가 발생할 수 있다”며 “대학마다 차별화된 교육을 실행할 필요가 있다”고 강조했다.
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