등록금심의위원회가 세 차례의 회의를 거쳐 2017학년도 등록금을 책정했다. 회의 결과 올해 신설하는 의과대학 의학과 등록금은 학생들의 반발로 원안 580만 원에서 505만 원으로 조정됐다.
  학부생과 졸업유예생 등록금은 동결됐고 대학원 등록금은 1.0% 인상됐다. 대학원 등록금은 물가상승률을 고려해 인상한 것이다. 등록금심의위원회(이하 등심위) 대학원생 대표 A 위원은 대학원 등록금 1.0%인상이 학생들에게 크게 부담되지 않을 것이라고 말했다. 졸업유예자 등록금은 전년 대비 동결됐는데, 이는 졸업유예자들이 주로 이용하는 도서관 이용료와 재학생 신분 유지를 위한 최소비용이다.
  의과대학 의학과 등록금은 최종 505만 원으로 재책정됐다. 1차 등심위 회의에선 의과 전문대학원 수업의 질을 고려해 원안 580만 원이 통과됐다. 하지만 이에 대해 의과대학에서 논란이 일었다. 박용국(의학 15) 씨는 “처음 580만 원이란 정보를 들었을 때 너무 비싸서 대부분이 반대 의사를 보였다”며 “교수들도 학생들의 의견을 알고 등록금 재조정을 준비하고 있었다”라고 말했다. 이후 3차 등심위 회의에서 최종 505만 원으로 결정했다. 이는 타 대학과의 형평성을 고려하고 본과 학생들의 의견을 수렴한 것이다. 박용국 씨는 “타 의과대학 등록금 평균과 비교했을 때 30만 원 정도 비싼 편이라 조금 아쉽다”며 “대학본부와 타협점을 찾다 보니 중간지점이 505만 원이었다”고 전했다.
  입학금에 관해선 의문이 제기되기도 했다. 대학본부로부터 입학금의 명확한 사용처가 제시되지 않은 것이다. 등심위 박지훈(기계공학 12) 위원은 “입학금의 정확한 쓰임을 알 수 없다”며 “입학금이 그 명목에 맞게 사용되지 않는다면 입학금을 받는 것은 부당하다”고 말했다. 이에 대학본부 측은 입학금을 입학경비, 우리 학교 구성원으로서의 비용 및 입학금 자체를 등록금으로 간주할 수 있다고 설명했다. 논의 끝에 입학금은 학부생 17만 원, 대학원생 18만 원 정도로 책정됐다.