등록금 인상 우려
  대학들은 새로운 학자금 대출제도를 이용하면 재학기간 중에 학생들의 등록금 부담이 없어 등록금을 인상할 가능성이 있다. 박민석 (행정 3) 씨는 “정부는 제도 도입 전 새 학자금 대출제도에서 파생되는 등록금 인상과 같은 문제점을 고려하지 않았고 이는 장차 문제가 될 것”이라고 말했다.

 
  하지만 정부는 모든 대학생이 학자금 대출을 받는 것이 아니기 때문에 크게 문제 될 것이 없다는 입장이다. 교과부는 2010년부터 적용하는 등록금 공시와 등록금 산정에 관한 법이 개정된 상태라고 밝혔다.

 
  교과부 윤경숙 사무관은 “각 대학의 등록금을 공시하거나 등록금 산정 이유를 밝히게 되면 대학도 높은 등록금 인상은 힘들 것”이라며 “대학이 등록금을 지나치게 인상할 경우 정부의 재정지원금을 축소하는 등 불이익을 받을 것이다”고 말했다.

 
  정부는 보다 근본적인 대책으로 볼 수 있는 교육 재정의 확충을 통한 등록금 인하가 아닌 대학의 등록금 인상을 제재하는 수단을 선호한다. 그러나 그 수단이 적절치 않다면 효과가 크지 않을 수 있다.

저소득층 지원 대폭 축소
  2010년부터 시행 예정인 취업 후 상환 학자금 대출제도는 저소득층의 어려움이 커진다는 우려가 있다. 기존에 기초생활수급자에게 주는 무상 장학금과 1~3분위 계층에 대한 무이자 대출, 나머지 계층에 대한 차등 이자 적용이 없어지기 때문이다. 이에 졸업생들은 경제적 소득 수준에 관계없이 똑같은 액수를 상환하게 되어 지금보다 소득 불평등 정도가 심해질 수 있다. 이지웅(법학 4) 씨는 “새 학자금 대출제도를 시행하더라도 저소득층 혜택을 유지하는 것이 바람직하다”고 강조했다.

 
  등록금 대책을 위한 시민사회단체 전국네트워크 조민경 간사는 “저소득층 지원을 없애는 새 학자금 대출제도는 비정규직과 청년실업 증가로 가뜩이나 어려운 대학생들에게 더 큰 고통을 줄 것”이라고 주장했다.

막대한 재정부담
  학생들의 채무 불이행이 높을 경우 정부의 재정 부담이 문제가 될 수 있다.   교과부에 따르면 원리금 상환은 조세징수시스템(국세청)과 연계해 원천 징수를 할 것이라고 한다.  이에 대학교육연구소는 "지난 수십 년간 국민의 소득파악을 하지 못했는데 어덯게 해결할지 의문이다"고 지적했다.